|  |  |  | Primary | Validation | ||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
 | Chromosome | Position (1 Mb bin) canfam 3.0 | Markers in window | maf £ AWK †| maf AK ‡ | maf absolute difference | maf AWK †| maf AK ‡ | maf absolute difference |
AWK | 3 | 26000000 | 64 | 0.012 | 0.176 | 0.164 | 0.027* | 0.187 | 0.16 |
 | 3 | 27000000 | 79 | 0.012 | 0.194 | 0.181 | 0.031* | 0.187 | 0.156 |
 | 3 | 29000000 | 70 | 0.009 | 0.178 | 0.169 | 0.015* | 0.151 | 0.135 |
 | 3 | 30000000 | 66 | 0.008 | 0.161 | 0.153 | 0.082 | 0.178 | 0.096 |
 | 10 | 47000000 | 72 | 0.048 | 0.169 | 0.121 | 0.101 | 0.173 | 0.071 |
 | 11 | 2000000 | 40 | 0.016 | 0.184 | 0.169 | 0.022 | 0 | 0.022 |
 | 11 | 17000000 | 83 | 0.05 | 0.179 | 0.13 | 0.148 | 0.182 | 0.034 |
 | 11 | 36000000 | 71 | 0.041 | 0.186 | 0.144 | 0.062 | 0.118 | 0.056 |
 | 15 | 46000000 | 72 | 0.031 | 0.195 | 0.164 | 0.106 | 0.21 | 0.104 |
 | 24 | 46000000 | 88 | 0.025 | 0.16 | 0.136 | 0.052 | 0.153 | 0.1 |
 | 30 | 1000000 | 82 | 0.011 | 0.13 | 0.119 | 0.014 | 0.085 | 0.071 |
 | 30 | 5000000 | 41 | 0.046 | 0.162 | 0.116 | 0.092 | 0.022 | 0.069 |
 | 39 | 102000000 | 47 | 0.026 | 0.153 | 0.127 | 0.213 | 0.23 | 0.017 |
AK | 8 | 64000000 | 81 | 0.166 | 0.049 | 0.118 | 0.189 | 0.049* | 0.141 |
 | 8 | 65000000 | 75 | 0.165 | 0.042 | 0.123 | 0.221 | 0.040* | 0.182 |
 | 8 | 67000000 | 71 | 0.13 | 0.008 | 0.122 | 0.131 | 0.004* | 0.126 |
 | 30 | 23000000 | 87 | 0.193 | 0.029 | 0.164 | 0.178 | 0.016* | 0.162 |
 | 39 | 16000000 | 42 | 0.208 | 0.048 | 0.161 | 0.057 | 0.075 | 0.018 |